O Servizo de Aparato Dixestivo foi recoñecido co premio nacional Best in Class ao mellor Servizo de Aparello Dixestivo durante os anos 2011, 2012 e 2013. Foi finalista nos mesmos premios durante os anos 2014, 2015, 2016, 2017 e 2019.
Premio á Excelencia en Investigación da Sociedade Española de Patoloxía Dixestiva (SEPD) durante os anos 2010, 2012, 2013, 2014, 2016 e 2017.