El Servicio de Aparato Digestivo ha sido reconocido con el premio nacional Best in Class al mejor Servicio de Aparato Digestivo durante los años 2011, 2012 y 2013. Ha sido finalista en los mismos premios durante los años 2014, 2015, 2016, 2017 y 2019.
Premio a la Excelencia en Investigación de la Sociedad Española de Patología Digestiva (SEPD) durante los años 2010, 2012, 2013, 2014, 2016 y 2017.